زائر

تفاصيل البراءة عودة  


تصميم الأبتامرات للجزيئات الحيوية
Designing aptamers for biomolecules
لتفاعل القائم على الشحن للمادة الكيميائية مع بنية الجزيء الحيوي المستهدف هو أساس تصميم عقار محدد للبنية المستهدفة. عندما تقترب مادة كيميائية من هدف فإن الشحنات الفردية على كلا الموقعين الجزيئيين تستقطب بعضها البعض. نتيجة لذلك بدلاً من التفاعل بين الجسمين (لكل منهما شحنة فعالة) يتم النظر في التفاعلات بين الشحنات المستقطبة الكثيرة في نظام الجسمين. يتم احتساب إجمالي الطاقة في اقتران الجسمين باستخدام تفاعلات Coulomb التي يتم فحصها (SCIs) الناشئة بين العديد من تفاعلات الشحن. ستكون طاقة الربط الناتجة هي مجموع الطاقات الناتجة عن التفاعلات مع أوامر الفحص المختلفة. نحن نطبق هذه النظرية العامة النظرية لتصميم الحمض النووي للحمض النووي أو RNA لأبتاميرات أي جزيء مستهدف بيولوجي. بصفتنا أبتامر أو لبنات بناء العقاقير (ABBs أو DBBs) نستخدم أربعة نيوكليوتيدات DNA أو RNA أو في توليفها خمسة نيوكليوتيدات أدينين جوانين ثيمين سيتوزين ويوراسيل. يتم تحديد أطوال الأبتامر الخاصة بالجزيء المستهدف والتي تمثل أرقام وتسلسل ABBs باستخدام الحد الأدنى من التشكل في طاقة ربط SCI. يتم الحصول على مؤهل أقرب جار للهدف ABB بسبب الحد الأدنى لحالة طاقة الربط SCI يليه ABBs الأخرى بنفس الشكل الرسمي المليء بالنشاط. أثناء تحديد التسلسل الذي نتتبعه في اتجاه الطاقة اختر الحد الأدنى للطاقة الملزمة للطاقة وقم بتمديد طول aptamer حتى تسمح طاقة ربط SCI الإجمالية بإضافة ABBs دون زعزعة استقرار ظاهرة الربط.
Charge based interaction of a chemical with target biomolecule structure is the basis of designing target structure specific drug. When a chemical approaches a target the individual charges on both molecular sites polarize each other. As a result, instead of two body (each having an effective charge) interaction, the interactions among many polarized charges in a two body system are considered. The total energy in this two body coupling is calculated utilizing screened Coulomb interactions (SCIs) arising among many charge interactions. The resultant binding energy would be the sum of energies resulting from interactions with various screening orders. We apply this general theoretical formalism to design nucleic acid DNA or RNA aptamers for any biological target molecule. As aptamer or drug building blocks (ABBs or DBBs) we use four DNA or RNA nucleotides, or in their combination, five nucleotides adenine, guanine, thymine, cytosine and uracil. The target molecule specific aptamer lengths accounting for the numbers and sequences of ABBs are determined utilizing minimum SCI binding energy conformation. The targets nearest neighbor ABB gets qualified due to minimum SCI binding energy condition, followed by other ABBs with the same energetic formalism. While determining the sequence we track the energy trend, choose the minimum binding energy option and extend the aptamer length until the total SCI binding energy allows addition of ABBs without destabilizing the binding phenomenon.
052019-00935
حماية دولية
16/892,614
2020/06/04
براءة اختراع ممنوحة
لا يوجد

بيانات المخترعين


  محمد أشرف الزمان أشرف الزمان
  Md Ashrafuzzaman Ashrafuzzaman
 
  كلية العلوم
  الكيمياء الحيوية
  Biochemistry

مكتب البراءة


ليتمان لو فيرم
ريتشارد ليتمان
1275 K Street, N.W., Suite 850 | Washington, DC 20005